Став лучшим игроком скромного клуба этого попал в столичный «Богемианс». Здесь он отыграл два с половиной сезона и мог похвастаться стабильно сильной игрой в основном составе команды.

В 2002 году Ширл приглянулся «Зениту». Некоторое время его состояние можно было охарактерезовать фразой «между основой и дублем» - каждый год Радек периодически играл то за дубль, то за основу, много раз выходил на кубковые игры.

С приходом Дика Адвокаата Радек Ширл стал стабильным игроком основного состава клуба. На пару с Риксеном они составили «легионерский дуэт» в центре поля. В начале сезона 2007 сформировалась сложная ситуация для тренера: в команду пришли Константин Зырянов и Анатолий Тимощук, и поэтому пришлось бы либо выбирать между игроками, либо перенасыщать центр. Как бы то ни было, Радек Ширл к концу сезона стал твёрдым игроком основы и поставил победную точку в чемпионском году - забил «золотой» гол в середине первого тайма в матче против «Сатурна». 2008 год начинал на позиции левого защитника, закрывая в течении игры всю бровку. Принимал участи в матчах в составе сборной Чехии.

Радек - рекордсмен среди легионеров «Зенита» по количеству матчей, проведённых за клуб. Футболист, забивший золотой гол в ворота «Сатурна» относится к той категории игроков, которые редко сверкают в атаках, но здорово поддерживают команду изнутри поля. Именно таких футболистов называют «мотором команды» и «рабочими лошадками».

Серебряный призер Чемпионата России 2003, обладатель Кубка Премьер-Лиги 2003

2007 - Чемпион России

2008 - Обладатель Суперкубка России, Обладатель Кубка УЕФА 2007/2008, Обладатель Суперкубка УЕФА

Официальных матчей за "Зенит" - 180, забил голов - 8. Матчей за "Зенит" в Высшем Дивизионе/Премьер-Лиге - 122, забил голов - 6. За дублирующий состав провел матчей - 9, забил голов - 3.